新功能上线
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之前做了个抗体注释的网页,反应挺好,网页的流量挺高。后来有朋友反应需要一些其他的功能,因此我又间入了新的功能,核酸序列翻译和蛋白分子量计算。
网页是:平头哥软件
目前共有三个功能,核酸-氨基酸翻译、抗体注释以及蛋白分子量计算。这边可以选择需要的功能模块。
核酸-氨基酸翻译
输入序列的名称和核酸序列,序列中尽量不要有非法字符(除ATGC以外的字母),目前还只能翻译一个开放阅读框,即从第一个字母开始三个三个的进行翻译。
抗体注释模块
此处也是一样,输入需要注释的抗体可变区序列,尽量避免一些非法字符。
输出端会以fasta格式输出你输入的序列,然后搜索相关序列信息包括种属、germline来源、相似度等;然后给出输入序列的kabat编号和CDR序列;最后会给出相似度最高的人germline,并且做好比对。
分子量计算
蛋白分子量计算模块,输入需要计算的抗体或者蛋白序列,抗体需要同时输入四条链。
输出端也会以fasta格式输出你输入的序列信息,下面的表格中会给出蛋白的名称、分子量、等电点、消光系数、氨基酸长度、半胱氨酸含量以及N糖位点等。
这个模块使用的方法与expasy使用的方法一致,因此各位可以放心使用。
目前各个方法都能单独运行并且给出正确的结果,但是各个模块整合到一起可能会出现一些未能预料的错误,如果发现了bug请与我联系,谢谢!