SfiI

相信大部分朋友跟我一样，第一次接触噬菌体展示的时候使用的噬菌粒不是pCANTAB5e就是pComb3，在酶切这些质粒的时候会碰到SfiI酶切不彻底的问题。之前会以为酶的问题尝试了不同的厂家或者批号，后来随着对这个酶的调研发现这个酶具有一些特殊的性质。今天跟大家介绍一下SfiI这个酶的一些特点。

大部分II型限制性内切酶识别DNA上连续的4-8位碱基序列，但是一些酶识别的是不连续的位点，这些位点中间插入了一些无规则的序列。类似的限制性内切酶比较多如SfiI(GGCCNNNNNGGCC)、BglI(GCCNNNNNGGC)等。SfiI与传统的限制性内切酶不同的地方在于传统的限制性内切酶如EcoRV由二聚体蛋白组成能够识别并在特异的位点切开DNA双链，SfiI是一个四聚体蛋白而且必须同时结合两个DNA双链上的识别位点才能切开DNA双链，BglI的识别位点虽然与SfiI类似但是它仍然是一个二聚体。

SfiI和BglI的特点。

SfiI与传统的限制性内切酶不同的地方包括：

1. SfiI识别8bp的DNA序列，这段序列的中间间隔了5bp的DNA序列。SfiI(GGCCNNNNNGGCC)

2. SfiI是一个同源四聚体蛋白而不是二聚体。

3. 如果SfiI四聚体只结合上一个识别序列是不会切开DNA的。SfiI只有在同时结合上两个识别序列才会被激活。

4. SfiI结合的两个识别序列在同一个DNA上的酶切活性优于在两个DNA分子上的酶切活性。

5. SfiI一旦结合上两个识别位点会同时切开DNA双链并释放DNA，这与其他的一些酶不一样，例如EcoRII也需要同时结合两个位点才会切开DNA但是它只是利用其中一个位置来激活酶的内切酶活性然后在另一个位点切开DNA分子。

6. SfiI的酶切效率也受到间隔序列的影响。

BglI的一些特点：

1. BglI识别的序列与SfiI类似，但是在两端分别比SfiI短一个碱基。

2. BglI是一个同源二聚体，它们能够对称的结合上DNA双链，并且同时切开DNA分子。

3. 当同一个DNA分子上有两个拷贝的识别序列时，BglI先切开一个位点生成线性的DNA分子，然后经过一个滞后期，再切开第二个位点生成两个DNA片段，切开这两个位点的过程是一个独立的过程。

4. 切开不同识别序列的效率也受到间隔序列的影响。

结论

根据以上，在设计SfiI酶切位点的时候可以适当考虑中间的插入序列，酶切的时候需要控制酶的量以获得最大的酶切效率。